阿尔脉PatMap专利解析平台上线!

如何快速分析与跟踪竞争对手的研发进展,是所有新药研发企业需要解决的问题。一个热门靶点的新专利公开以后,往往会有大量的跟随者在该领域展开角逐。如何在第一时间获取专利文档中的SAR信息,以快速进行跟踪研究,是药物化学家们比较头痛的一个事情。传统做法是,把专利中的分子结构一个个裁剪成图片,插入表格,然后把生物活性数据手动填入表格中。这种做法存在两大弊端:(1)结构图片的裁剪与活性数据的提取,工作量都很大,通常需要数小时;(2)无法对该方式生成的SAR表格进行多维度的自动化数据分析,而完全依赖于药物化学家们的人工归纳总结。
为了解决上述难题,阿尔脉生物利用其独有的化合物结构识别技术,打造了一款便捷的AI辅助专利解析平台: PatMap。在PatMap平台上,用户只需一些简单的鼠标点击操作,即可在短时间内提取出实例化合物的结构和活性数据,在线进行快速SAR分析,或者导出为SDF格式在外部工具中进行深度SAR分析,以加速早期药物研发的进程。
阿尔脉PatMap专利解析平台建立在标准的B/S架构基础上,支持Chrome等主流浏览器且可操作性强。平台使用了数据缓存、对象存储、容器化、微服务、消息机制、应用虚拟化等多项先进的开发技术,通过引入云计算部署模式,实现了动态调度系统资源,可以满足不同的业务场景需求,支持高并发并同时兼顾了服务的可靠性。
根据功能分区,设立结构视图和表格视图两个独立的板块,分别对应化合物结构的处理与生物活性数据表格的处理。各板块内的工具栏设置合理,符合用户操作习惯
2、结构比对简洁清晰
识别结构与原始结构姿态一致,而且能肩并肩地直接比对,配合方向键向前/向后滚动分子,可以很方便地校对实例分子的结构
3、结构搜索功能强大
支持不同的搜索范围和搜索方式,并且可与已选中分子集合进行各种布尔操作,以帮助用户选中感兴趣的分子集合进行SAR分析
4、结构编辑器
内置功能齐全的结构编辑器,可对少数识别有误的结构进行编辑
5、Example ID自动生成
连续点击实例分子时,可根据自定义规则实时生成Example ID,极大地减轻了人工标记的负担
6、生物活性数据提取
在“表格视图”下,可解析用户指定的表格图片,将其转换成规范的生物活性数据表。最后根据Example ID将活性数据与分子结构自动关联,生成用户感兴趣的SAR数据表格
7、分子选择方便快捷
左侧的选择工具栏支持全选/取消、反选、仅选中实例分子、将选中分子存为集合或者从集合导出为选中分子等功能,可以满足用户的各种选择需求
8、内置SAR分析模块
“查看选中”模块提供全面的卡牌式SAR分析功能:可显示/隐藏指定的属性;可根据属性对分子进行排序;可对属性进行编辑修改;可链接到原文位置。与结构搜索模块联用,可以对选定分子集合进行快速SAR分析
9、数据导出
可用SDF或XLS格式,导出实例分子或选中分子的化学结构与生物活性数据,在外部工具中进行SAR分析
PatMapTM专利解析四步骤
1.解析专利PDF中的化学结构
将本地pdf文件拖放到文档区域,点击开始识别,跳转到我的任务面板可以检查任务状态。该过程将标记专利中的所有化学结构图片并将其转换为标准化学结构格式。
2.为实例化合物添加Example ID
点击任务后面的载入按钮进入PatMap主界面。在结构视图下,用户可以逐个为实例化合物手动添加Example ID,亦可使用Example ID生成工具自动产生连续的Example ID。实例化合物的Example ID将被用于从生物活性数据表格中提取数据,以属性的形式添加到对应实例化合物的结构。
3.将化学结构与生物活性数据相关联
切换到表格视图,用户可以按照流程将需要解析的表格图片裁剪出来,将其解析为原始表格数据。然后对原始数据进行编辑、校正等操作,生成符合录入要求的数据表格。最后,用户可以把校正过的表格数据一键带入到实例化合物的结构中,生成用户感兴趣的SAR表格。
4.SAR分析
切换到结构视图,用户可以通过结构搜索选中感兴趣的化合物,然后在查看选中的面板上,进行卡牌式SAR分析。另外,用户也可以点击右上角的下载分子按钮,下载SDF(推荐)或XLS格式的实例化合物。SDF文件包含结构与生物活性数据,可以被加载到任何化学信息学工具进行SAR分析。
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